1908 മെയ് 27-ന് (കൊല്ലവർഷം 1083 ഇടവം 14-ന്) തിരുവിതാംകൂർ മഹാരാജാവായിരുന്ന ശ്രീമൂലം തിരുന്നാളിന്റെ ഭരണകാലത്താണ് കൃഷി വകുപ്പ് രൂപം കൊണ്ടത്. യൂറോപ്പിലെ എഡിൻബർഗ് യൂണിവേഴ്സിറ്റിയിൽ നിന്നും കൃഷി ശാസ്ത്രത്തിൽ ബിരുദവും, ലേപ്സിംഗം സർവ്വകലാശാലയിൽ നിന്നും ഡോക്ടറേറ്റും നേടിയ ഡോ. എൻ കുഞ്ഞൻപിള്ളയെയായിരുന്നു കൃഷി വകുപ്പിന്റെ പ്രഥമ ഡയറക്ടറായി നിയമിച്ചത്.
തിരുവനന്തപുരത്തും, കൊല്ലത്തുമുണ്ടായിരുന്ന അഗ്രികൾച്ചറൽ ഡമോൺസ്ട്രേഷൻ ഫാമുകളും മൃഗസംരക്ഷണ മേഖലയും അദ്ദേഹത്തിന്റെ മേൽനോട്ടത്തിലായിരുന്നു. പിന്നീട് കൂടുതൽ ഫാമുകളും, ലബോറട്ടറികളും, കന്നുകാലി പ്രജനന യൂണിറ്റുകളും സ്ഥാപിതമായി. അക്കാലത്ത് കൃഷി വകുപ്പ് ലാന്റ് റവന്യൂ വകുപ്പിന്റെ ഭാഗമായിട്ടാണ് പ്രവർത്തിച്ചിരുന്നത്. 1924-ൽ താലൂക്കുതോറും ഓരോ കൃഷി ഇൻസ്പെക്ടർമാർ, രണ്ട് ഫീൽഡ് അസിസ്റ്റന്റുമാർ, ജില്ലാ തലത്തിൽ ഒരു ഉദ്യോഗസ്ഥൻ എന്നിങ്ങനെ ഉദ്യോഗസ്ഥവിന്യാസം നടപ്പിലാക്കി. 1956-ൽ തിരുകൊച്ചിയും, മലബാറും യോജിപ്പിച്ച് കേരള സംസ്ഥാനം രൂപീകരിച്ചപ്പോൾ, ആദ്യത്തെ മന്ത്രിസഭയിൽ ധനമന്ത്രിയായിരുന്ന ശ്രീ. സി. അച്യുതമേനോൻ കൃഷി വകുപ്പിന്റെ അധിക ചുമതല വഹിച്ചിട്ടുണ്ട്.
പ്രശസ്ത കൃഷി വിദഗ്ദനായിരുന്ന ശ്രി. പി.ഡി. നായർ കേരള സംസ്ഥാനത്തെ ആദ്യ കൃഷി ഡയറക്ടറായി. 1962- ൽ സംസ്ഥാനത്തൊട്ടാകെ 144 എൻ. ഇ. എസ്. ബ്ലോക്കുകൾ പ്രവർത്തനം തുടങ്ങിയപ്പോൾ ഓരോ ബ്ലോക്കിലും ഓരോ കൃഷി വികസന ഉദ്യോഗസ്ഥനെ നിയമിച്ചു. 1987-ൽ കേരളത്തിലെ എല്ലാ പഞ്ചായത്തുകളിലും കൃഷി ഭവൻ പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ചു. നിലവിൽ ആകെ 1077 കൃഷി ഭവനുകൾ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.
